Відео відсутнє
Два роки після поразки Галактора та ймовірної смерті Кондори Джо, круїзний лайнер зазнає нападу Лідера Ікса, в результаті якого гине майже весь екіпаж. Одна з врятованих, молода дівчина, потрапляє в полон до Ікса і швидко перетворюється на дивну, з чоловічим голосом злодійку на ім'я Гел Садра. Хоч Гел Садра виглядає як дорослий, вона не звільнена від дитячих капризів і веде себе незрело. На тлі відновлення Галактора, команда Наукових Ніндзя повертається до дії, а замість Джо виступає підозрілий чоловік на ім'я Хок Гетц. Швидко з'ясується, що Гетц є агентом Галактора під прикриттям (і вбив справжнього Гетца, який мав приєднатися), а зрештою гине від загадкового пера-шукірена. Після натяків, які з'являються в перших трьох епізодах, Джо з'являється в четвертому епізоді, оскільки якимось чином вижив після смертельних травм на кінці першого сезону та знову приєднується до команди. Пізніше виявляється, що його врятував екс-науковець Галактора на межі його смерті, і він став об'єктом різних кібернетичних модифікацій. Пізніше в серії представляється жіночий науковець на ім'я доктор Пандора, яка втратила чоловіка і дочку в катастрофі круїзного лайнера. Без відання, її дочка Семмі вижила і насправді є Гел Садрою.