Відео відсутнє
Світ потрапив у безвихідну війну проти BETA — інопланетного виду, який вторгся на планету в 1973 році, що триває вже три десятиліття. У цьому хаосі старшокласник на ім'я Такеру Шірогане раптом прокидається після жахливого кошмару, в якому бачить людство у повному поразці. Невдовзі він усвідомлює, що його сон — це не що інше, як спогади про його життя в альтернативному всесвіті. У тих спогадах реалізується проект Alternative V, що відправляє сотні тисяч людей у космос, як останній засіб для збереження людства, залишаючи решту мільярда на Землі страждати від жорстокої долі. Прагнучи змінити це похмуре майбутнє, Такеру приєднується до військової бази в Йокогамі, яка виявляється його колишньою школою. Там йому вдається переконати заступника командира бази та керівника проекту Alternative IV, професора Юко Козукі, запобігти реалізації Alternative V. Щоб забезпечити успіх Alternative IV, Такеру потрібно керувати величезними людоподібними машинами Tactical Surface Fighters (TSF) разом зі своїми товаришами-курсантами. Однак у нього є лише два місяці, щоб завершити навчання та використати свої часткові знання про майбутнє — інакше станеться страшна трагедія.
Muv-Luv Alternative адаптує перші шість розділів візуальної новели з такою ж назвою, яка є третьою і фінальною частиною трилогії Muv-Luv.