Наоко Акіґі була матір'ю Ріцuko. Вона була творцем системи MAGI та колишнім головним техніком Gehirn. Наоко була у романтичних стосунках із недавно вдівцем Гендо Іккарі, працюючи в Gehirn. Однак після того, як Рей І назвала її "старою потворою" і сказала, що Гендо сам часто так називав Наоко, вона зрозуміла, що він лише використовував її почуття, щоб забезпечити її працездатність для себе. У пориві гніву Наоко задушила Рей до смерті, а потім або скоїла самогубство, або стала жертвою невідомого нападника. Незабаром після цього Gehirn був розпущений, а на його місці була створена організація Nerv. В томі 10 манги Наоко показується, як вона скоює самогубство після вбивства Рей І. Ріцuko стає свідком як вбивства Рей, так і самогубства Наоко.