Шоґо Амакуса був учнем і небожем Хьоє Нішиди. Ім'я Шоґо при народженні було Шоґо Мутō. Після того, як обидва його батьки стали мучениками-християнами, Шоґо та його сестра Сайо переїхали на континент з Хьоє. Хьоє навчає Шоґо Хітен Міцурюґі-рю, однак Хьоє не був кваліфікований для передачі знань цього стилю, і в результаті Шоґо неправильно використовує техніку, що призводить до катастрофічних наслідків. Хьоє втратив своє місце як спадкоємець Хітен Міцурюґі-рю, коли не зміг протистояти Кузу Рю Сен свого майстра і загинув у водах, але дивом вижив після цього інциденту (майстром Хьоє був Сейдзюро Хіко XII, якого змінив Сейдзюро Хіко XIII, майстер Кеншина).
Коли Хьоє усвідомлює свою помилку у навчанні Шоґо Хітен Міцурюґі-рю, він намагається зупинити його. Але Шоґо назавжди осліплює Хьоє технікою Рай Рю Сен, яку винайшов сам Шоґо, і це єдина техніка, яка додалася до Хітен Міцурюґі-рю з моменту його створення. Після того як Шоґо вивчив Хітен Міцурюґі-рю, він повертається до Японії і стає лідером таємного християнського культу в Шімабара. Він використовує Хітен Міцурюґі-рю, щоб вбивати урядовців, які брали участь у придушенні прихованих християн під час сьогодзі. Шоґо переконує своїх послідовників, що він є сином Божим, і також стає самопроголошеним спадкоємцем Шіро Амакуси (японської історичної постаті XVII століття), змінивши своє ім'я з Шоґо Мутō на Шоґо Амакуса, використовуючи цю роль, щоб помститися за смерть своїх батьків і побратимів-християн, які були репресовані та мученицьки вбиті, коли він був дитиною.