Мігель приєднується до ЗАФТ (ZAFT), щоб заробити гонорар для лікаря свого молодшого брата, який хворий; відомий як "Чарівна куля сутінок", бо зазвичай керує кастомізованим GINN, кольору оранжевого, подібного до кольору сутінок, і з високою мобільністю кастомного GINN його бойовий стиль спеціалізується на завданні смертельних ударів; ас ЗАФТ під командуванням Рау Ля Круазета. Мігель зображується як вперта і дещо зарозуміла особистість, яка зазвичай недооцінює своїх супротивників-натуралів.
Мігель бере участь у транспортуванні астероїдної бази Нова до ПЛАНТів, хоча вважає, що це не буде цікаво. Однак, він стикається з Му Ла Флагом під час рейду військ Землі. У січні C.E. 71 на класі Назар, замовленому Рау Ля Круазетом, відправляються, щоб розслідувати таємниче знищення баз постачання ЗАФТ. Під час патрулювання Мігель виявляє винуватця атак: найманця з Серпент Тейл Гая Муракумо. GINN Мігеля пошкоджено під час бою з кастомним GINN Гая, що змушує його перейти на стандартний GINN для нападу на Геліополіс 25 січня.
Під час нападу на Геліополіс у Gundam SEED Мігель намагається захопити GAT-X105 Strike після того, як дізнається від Атруна Зали, що Рассі Макинзі — пілот ЗАФТ, якого мали на нього замінити, — був убитий, а що Strike пілотує солдат Альянсу Землі (Муррю Раміус). Однак Атрун не згадує, що Кіра Ямато, його дитячий друг, також у кабіні, і що Кіра є координатором, як і вони. Мігель говорить Атруну вивести GAT-X303 Aegis з Геліополісу, перш ніж той буде пошкоджений, а потім намагається сам впоратися з Strike. Муррю не в змозі протистояти Мігелю, і побачивши, що його друзі Сай Аргайл, Куззі Бускірк, Міріаллія Хав і Толле Кеніг перебувають поблизу цієї битви, Кіра бере контроль над Strike і відповідає ударом, врешті-решт змусивши Мігеля відступити після того, як знешкодив GINN пілота ЗАФТ. Мігель швидко активував кнопку самознищення і вибіг з свого GINN перед тим, як той вибухнув.