Після смерті Юкісіро Томое Хімура Кеншин став вільним мечувальником, щоб захищати членів Ісін Сісі. Шісіо Макото став його наступником як тіньовий хітокірі (убивця) і відповідав за вбивство Ідзуки, чоловіка, який зрадив шісі.
Майбутній уряд Мейдзі був більш таємничим щодо Шісіо, ніж Кеншин; багато членів кланів Чошу та Сацума (члени майбутнього уряду Мейдзі) мали дуже мало інформації про нього.
Згодом новий уряд Мейдзі вважав, що буде доцільно усунути Шісіо перед тим, як він стане надто потужним, оскільки Шісіо був людиною, яка прагнула влади. Тож під час Бошінської війни Шісіо був приведений у непритомний стан кількома пострілами, облитий олією і спалений живцем новим урядом, що сформувався з Ісін Сісі. Він вижив, отримавши серйозні травми тіла. Після цього він зібрав групу найкращих бійців Японії, звану Джуппонгатана (Десять мечів), щоб повалити уряд Мейдзі.
Шісіо уявляв Японію під своїм правлінням, що дотримується принципів природного відбору, або те, що він називав "сильні їдять слабких". Використовуючи це переконання, він провів кампанію проти уряду Мейдзі, оскільки вважав його занадто слабким, щоб ефективно керувати країною. Використовуючи свій девіз, він виховав ідейного учня з Сета Содзіро, який служив його правою рукою та був найсильнішим з Джуппонгатана. Він планував зміцнити економіку нафти, як тільки візьме країну під контроль.