Такасабі придумав революційну ідею допоміжних нерегулярних мілітарних формувань (шотаї). За феодальної системи тільки самурайський клас мав право володіти зброєю. Такасабі просував залучення простолюдинів до нових, соціально змішаних парамілітарних підрозділів. У цих підрозділах ні набір, ні просування не залежали (принаймні в теорії) від соціального статусу. В селян, торговців, столярів і навіть сумо-борців та буддійських монахів були enlistовані, хоча самураї все ще становили більшість у більшості шотаїв. Такасабі яскраво усвідомлював, що використання фінансового багатства середнього класу торговців і селян могло збільшити військову силу домену, не послаблюючи його фінансів. Оскільки лідери Чошу не могли - і не хотіли - змінювати соціальну структуру домену, обмежене використання селян і простолюдинів дозволило їм створити новий тип військових формувань, не порушуючи традиційне суспільство.
У 1863 році Такасабі сам заснував спеціальний підрозділ шотаї під своїм безпосереднім командуванням, який називався Кіхайтай, до складу якого входило 300 військових (близько половини з яких були самураями). Після покарання, що завдали західні сили, Чошу не змогло витримати експедицію, організовану бакуфу восени 1864 року у відповідь на попередні спроби Чошу захопити контроль над Кіото. Спочатку консервативні сили, які виступали за примирення з бакуфу з метою забезпечення стабільності домену, переважали в політиці Чошу, і Такасабі разом з кількома своїми товаришами мусив покинути домен, щоб уникнути нового ув'язнення. Такасабі, з лише близько десятком прихильників, включаючи майбутніх політичних лідерів Ямагату Арітома, Іто Хіробумі та Іноуе Каору, зібрався в Кокура, на Кюсю, й підготував атаку на консервативні сили в Чошу. Наступна громадянська війна Чошу почалася 13 січня 1865 року.
Такасабі зіграв важливу роль у цій громадянській війні, і його міліція Кіхайтай довела свою перевагу порівняно з застарілими самурайськими силами. Завдяки серії швидких ударів і підтримці Кідо Такйосі Такасабі здобув перемогу до березня 1865 року. Він став одним з основних арбітрів політики домену Чошу і продовжував діяти як експерт домену з західної військової науки, присвячуючи свої зусилля імпорту озброєння та підняттю військ. Ці реформи виявилися успішними, коли Чошу здобуло перемогу на чотирьох фронтах проти Другої експедиції бакуфу в 1866 році, при цьому Кіхайтай сам здобув перемогу на двох фронтах. Зусилля Такасабі створили маломасштабну "націю в зброї" з Чошу, надавши їй військову силу, непропорційно велику щодо її відносно невеликого розміру. Завдяки перемозі над силами Токугави військова потужність бакуфу втратила авторитет, і традиційно суперницькі домени вирішили об'єднатися з Чошу в подальших битвах, які призвели до Реставрації Мейдзі та закінчення бакуфу Токугави.