Після п’яти років прихованих почуттів школяр Тайдзу Оокі нарешті готовий зізнатися в коханні Юдзурісі Огаві. Та щойно Тайдзу починає своє зізнання, сліпуче зелене світло вражає Землю і окаменяє все людство по всьому світу — перетворюючи кожну людину на камінь. За кілька тисячоліть Тайдзу прокидається і виявляє, що сучасний світ припинив існування, а природа розквітла за час, поки людство стояло на місці. Серед кам’яного світу статуй Тайдзу зустрічає ще одного живого чоловіка — свого друга, захопленого наукою Сенку, який був активним уже кілька місяців. Тайдзу дізнається, що Сенку розробив грандіозний план — повне відродження цивілізації за допомогою науки. Сила Тайдзу і розум Сенку утворюють міцне партнерство, і незабаром вони знаходять спосіб повернути до життя окаменілих. Однак головний план Сенку перебуває під загрозою, коли його ідеї кинули виклик ті, хто прокидається. Водночас причина окаменіння людства залишається невідомою. [Написано за переписом MAL]
Доктор Стоун адаптує глави з 1 по 60 манги.