Після п'яти років прихованих почуттів, старшокласник Тайджу Окі нарешті готовий зізнатися у своїй любові до Юзуріхи Огава. Проте, коли Тайджу починає своє зізнання, осліплююче зелене світло вдаряє в Землю і перетворює людство по всьому світу на камінь. Кілька тисячоліть по тому, Тайджу прокидається і виявляє, що сучасний світ повністю відійшов, оскільки природа розцвіла за роки, коли людство стояло на місці. Серед кам'яного світу статуй Тайджу зустрічає ще одну живу людину: свого друга Сенkuu, який активний протягом кількох місяців. Тайджу дізнається, що Сенkuu розробив грандіозний план — відновити цивілізацію за допомогою науки. Сила Тайджу і розум Сенkuu поєднуються, створюючи потужне партнерство, і вони незабаром знаходять спосіб відновити тих, хто перетворився на камінь. Однак майстерний план Сенkuu під загрозою, коли його ідеології оскаржують ті, хто пробуджується. Проте причина перетворення людства на камінь залишається невідомою.
Доктор Стоун адаптує глави 1-60 манги.