Роки тому астронавт Б’якуя залишив позаду цінні матеріали, вірячи, що його син, науково обдарований Сенkuu, колись їх знайде. У даний час Кохаку та Гінроу із Королівства Науки infiltrували гарем лідера Королівства Петрації з допомогою Амаріліс, місцевої дівчини. Спочатку їхня місія проходить без проблем. На жаль, помилка, скоювана Кохаку та Гінроу, призводить до того, що міністр Ібара та найсильніший воїн острова, Моз, вважають їх ворогами. Ще гірше, Моз стежить за Амаріліс, коли вона повертається, щоб повідомити Сенkuu новини, і виявляє секретне укриття вченого. Однак плани Моза не співпадають з планами Ібари — він хоче скинути міністра та забрати пристрій для петрифікації собі. Якщо Сенkuu зіграє свої карти правильно, він може здобути потужного союзника та виграти війну раз і назавжди. [Написано MAL Rewrite]
Доктор Стоун: Новий світ, Частина 2 адаптує глави 116-142 манги.