Роки тому астронавт Біакуя залишив цінні матеріали в надії, що його син, науково обдарований Сенку, колись їх знайде. У наш час Кохаку та Гінро з Королівства Науки за допомогою місцевої дівчини Амарілліс проникли у гарем лідера Королівства Окаміння. Спочатку їхня місія проходила без жодних проблем. На жаль, помилка, допущена Кохаку та Гінро, призводить до того, що міністр Ібара та найсильніший воїн острова Моз вважають їх ворогами. Ще гірше, Моз стежить за Амарілліс, коли вона повертається, щоб повідомити Сенку новини, і відкриває секретне укриття вченого. Проте наміри Моза не збігаються з Ібариними — він хоче повалити міністра і заволодіти пристроєм оккаміння для себе. Якщо Сенку зіграє розумно, він може здобути потужного союзника і виграти війну раз і назавжди. [Перекладено за матеріалами MAL Rewrite]
Доктор Стоун: Новий Світ Частина 2 адаптує глави 116-142 манги.