Відео відсутнє
Після того, як наприкінці "Гатчамена II" Лідер Х, здавалося б, був знищений назавжди, його фрагмент, що вижив, росте і мутує в Z. Разом з головою сім'ї Егобосслерів, графом Егобосслером (і двома його підлеглими Механдолом і Кемплером), Z знову прагне знищити Землю і Команду Наукових Ніндзя. Після смерті Андерсона новим керівником ІСО став доктор Намбу, а команда тепер перебуває на підводній базі Галлатаун (також відомій як "G-Town"). З'являється інженер Камо, і після того, як Новий Бог Фенікс був знищений на початку, команда отримує нового Гатчаспартана в якості своєї мехи. Гатчаспартан має спеціальний режим "Гіперпостріл", який може використовувати лише Кен (з його новим мечем "Гатчафенсер"). По ходу серіалу з'ясовується, що радіаційне опромінення від постійного використання Гіперпострілу повільно вбиває Кена, і що подальше його використання означатиме смерть. Тим часом Z планує знищити Землю за допомогою астероїда з антиматерії під кодовою назвою "Отруєне яблуко".