Відео відсутнє
Рік 2148. За два роки після завершення оригінального аніме-серіалу «Фафнер в синьому», острів Тацумія та його виживші мешканці повернулися до певного відновлення. Проте для нашого героя, Казукі, ситуація стала відчайдушною; він майже сліпий і частково покалічений після битв з Фестумом два роки тому, але тримається обіцянки, даної йому його загиблим другом Соші, повернутися на острів і знову все виправити. Надія Казукі розгорається, коли в безлюдному підводному човні, що однієї ночі доплив до затоки Тацумія, виявляють живу істоту, але це не Соші, а таємничий «хлопець» на ім’я Місао Курусу, який може бути не зовсім людиною і який стверджує, що був посланий Соші. З появою Місао знову спалахують ворожнечі між Армією людей і Фестумом, і пілоти Фафнера втягуються в найвідчайдушнішу битву свого життя — цього разу на їхніх плечах лежить доля ДВОХ рас.