Як і в попередній частині, Zoku Natsume Yuujinchou розповідає про Такасі Нацуме, хлопчика, який з дитинства має здатність бачити йокай, та його охоронця-йокая Мадару, якого прозвали Нянко-сенсеєм. Нацуме намагається повернути імена, записані в його «Книзі друзів» (яку він успадкував від своєї бабусі Рейко), йокаям із свого села. Під час цих пригод він зустрічає деяких доброзичливих йокай, деякі хочуть вкрасти Книгу, а інші прагнуть його вбити, і Нацуме дізнається більше про себе та свої стосунки з цими загадковими істотами.