П’ятнадцять років після катастрофічної події, відомої як Другий удар, світ зіткнувся з новою загрозою: монструозні небесні істоти, що називаються Ангели, по одному вторгаються до Токіо-3. Людство не в змозі захиститися від Ангелів, незважаючи на використання найсучаснішої зброї та військових тактик. Єдина надія на порятунок людства покладається на НЕРВ — таємничу організацію, яку очолює холодний Гендо Ікарі. НЕРВ керує гігантськими гуманоїдними роботами, званими «Євангеліонами», щоб боротися з Ангелами за допомогою передової зброї та захисних бар’єрів, відомих як Абсолютні Терор-Поля. Через багато років після того, як батько покинув його, 14-річний син Гендо, Шинджі Ікарі, повертається до Токіо-3. Шинджі веде постійну внутрішню боротьбу з глибоко захованою травмою, викликаною втратою матері та емоційним занедбанням з боку батька. Переляканий відкритись іншій людині, життя Шинджі назавжди змінюється під час зустрічі з 29-річною Мисато Кацунага, високопоставленою офіцеркою НЕРВ, яка проявляє до нього вільнолюбну материнську доброту, якої він ніколи раніше не знав. Руйнування, завдане атаками Ангелів, змушує Шинджі діяти, адже Гендо розкриває справжню причину свого запрошення сина назад до Токіо-3: Шинджі — єдина дитина, здатна ефективно управляти Євангеліоном Одиниця-01, новим роботом, що синхронізується з його біометрією. Незважаючи на жорстоку психологічну травму, спричинену пілотуванням Євангеліону, Шинджі захищає Токіо-3 від ангельської загрози, не підозрюючи про темні інтриги свого батька. [Автор перекладу: MAL Rewrite]
Депресія режисера Хідеакі Анно стала причиною темних сюжетних ліній в «Neon Genesis Evangelion». Фінансові проблеми та скарги батьків на зміст призвели до скасування оригінального фіналу і заміни його на кінцівку з дуже обмеженою анімацією, яка відходить від основного сюжету. Пізніше був створений фільм «Air/Magokoro wo, Kimi ni», який частково базується на оригінальному планованому фіналі і частково на зростаючому розчаруванні Анно фанатською аудиторією отаку. Мікс психоаналізу, релігійної символіки та деконструкції жанру у серіалі виявився надзвичайно впливовим на дорослу аніме з кінця 1990-х років. На фестивалі Japan Media Arts у 2006 році він посів перше місце серед найпопулярніших аніме за всю історію.